Harry ist überglücklich, mit Ginny zusammen zu sein und überraschenderweise scheint Ron auch kein schwerwiegendes Problem mit Harry und Ginnys Beziehung zu haben. Eines Abends erzählt Hermine, dass sie eine Vermutung bezüglich der wahren Identität des Halbblutprinzen hat: eine Hexe namens Eileen Prince. Harry widerspricht ihr, da er der festen Überzeugung ist, der Prinz sei männlich, nicht nur aufgrund des Namens, sondern auch wegen des Schreibstils. Harry will das Buch zurückholen, jedoch auf dem Weg zum Raum der Wünsche trifft er auf Trelawney. Diese wurde aus dem Raum der Wünsche geflucht. Harry schlägt vor, sie solle ihn doch zu Dumbledore begleiten und trotz anfänglicher Bedenken, stimmt Professor Trelawney schlussendlich zu.

Unterwegs murmelt sie von einem„vom Blitz getroffenen Turm“ und spricht über die Nacht der Prophezeiung. Dadurch erfährt Harry endlich, wer Teile der Prophezeiung überhört und anschließend Voldemort überliefert hat: Snape. Harry eilt wütend zu Dumbledore und lässt eine etwas verdutze Trelawney zurück. Bei Dumbledore angekommen lässt ihm dieser die Entscheidung zwischen seinem Hass über Snape freien Lauf zu lassen oder, solange er jede seiner Befehle befolgt, ihm bei der Suche nach einem Horkrux zu helfen.

Dumbledore und Harry begeben sich zum Eberkopf, wovon sie dann zu der Höhle apparieren, wo Voldemort einst die zwei Waisen verängstigte. Um zur Höhle zu gelangen müssen die beiden solange schwimmen bis sie die Vorkammer der Höhle erreicht haben. Dumbledore weiß, dass die einzige Möglichkeit, um in die eigentliche Höhle zu gelangen, das Vergießen von Blut ist. Er gibt etwas von seinem Blut, da er der Meinung ist, Harrys sei wertvoller.

In der Höhle stehen sie am Rande eines Sees, in dessen Mitte ein nebelig grünes Licht zu sehen ist. Harry versucht das Horcrux mittels Accio herbeizurufen, doch das einzige was passiert, ist, dass etwas plötzlich aus dem Wasser schießt. Nach einiger Zeit bemerkt Dumbledore, dass es sich hierbei um ein unsichtbares Boot handelt, das verzaubert wurde, nur eine magische Person zu tragen wird, jedoch da Harry noch nicht erwachsen ist, zählt er für Voldemort nicht.

Auf der Überfahrt entdeckt Harry, dass das Wasser voll von Inferi ist, jedoch erreichen die beiden vorerst sicher das andere Ufer des Sees. Auf der Sandbank angekommen finden sie einen Behälter gefüllt mit einem grünen Trank und der einzige Weg diesen zu leeren, ist sie mit einem Becher zu trinken. Dumbledore beschließt, den Trank zu trinken, warnt jedoch Harry, dass dieser möglicherweise Gift enthält, welches den Trinker jedoch nicht sofort töte. Er lässt sich von Harry das Versprechen geben, ihm auch den letzten Rest des Trankes einzuflößen, sollte er sich nicht mehr selbst in der Lage dazu sein.

Es wird schnell klar, dass es sich tatsächlich um Gift handelt, da nach einer Weile Dumbledore vor Schmerzen zu schreien beginnt und nach dem Tod verlangt. Harry jedoch flößt ihm weiterhin das Gift ein. Sobald der ganze Trank getrunken worden ist, verlangt Dumbledore inständig nach Wasser, und da Harry den Behälter nicht magisch mit Wasser füllen kann, taucht er diesen in den See. Dies jedoch ruft die Inferi herbei, Dumbledore kann diese jedoch glücklicherweise mit einem enormen Feuer in Schach halten. Er greift das Amulett und die beiden schaffen es, aus der Höhle zu entkommen.

Zurück in Hogsmeade bittet der geschwächte Dumbledore Harry, Snape zu holen, aber bevor Harry loslaufen kann, kommt Madam Rosmerta die berichtet, dass das Dunkle Mal über dem Astronomieturm schwebt. Plötzlich kehrten Dumbeldores Kräfte zurück und er eilt mit Harry auf Besen aus dem Drei Besen nach Hogwarts zurück. Sobald sie auf dem Turm gelandet sind, schickt Dumbledore Harry erneut zu Snape. Doch noch bevor Harry die Tür erreicht hat, hören die beiden Schritte von der anderen Seite. Als der Eindringling Expelliarmus ruft, ist Harry wie versteinert. Nein, er wurde versteinert. Dumbledore hat Harry unter dem Tarnumhang erstarren lassen, anstatt sich gegen den Entwaffnungszauber zu verteidigen. Der Eindringling entpuppt sich als niemand anders als Draco Malfoy.

Malfoy ist entschlossen, Dumbledore umzubringen, doch dieser redet auf hin ein, und erklärt ihm, er sein kein Mörder. Es zeigt sich, dass Malfoy Angst hat, da er mit Hilfe des Verschwindekabinetts die Todesser ins Schloss gebracht hat. Er hat das kaputte Ende repariert und dadurch eine Art Pforte zwischen Borgin und Burke's und Hogwarts errichtet. Malfoy ist nicht in der Lage, Dumbledore zu töten, nicht einmal als die Todesser endlich den Turm erreichen. Endlich taucht Snape auf, welchen Dumbledore sehnlich anfleht. Der Zaubertränke Professor tritt mit hasserfülltem Blick vor und tötet Dumbledore.

In dem Moment als Dumbledore stirbt, löst sich der Zauber von Harry. Er schockt einen Todesser und setzt den fliehenden Snape und Malfoy hinterher. Unten angekommen sieht er sich mit einem Kampf konfrontiert, in welchem Mitglieder des Ordens, Ron, Hermine, Ginny, Luna und Neville verbittert mit Todessern kämpfen. Harry hat jedoch keine Zeit irgendjemandem zu helfen, da Snape und Malfoy nach draußen flüchten, mit Harry dicht an den Fersen.

Draußen angekommen entdeckt Harry Hagrid, der ebenfalls mit einigen Todessern kämpft, deren Flüche jedoch einfach von ihm abprallen. Harry schafft es endlich die beiden einzuholen, Malfoy kann jedoch, auf Snapes Rat hin, entkommen. Harry versucht Snape zu attackieren, hat jedoch aufgrund dessen Fähigkeiten in Legilimentik keine Chance. Harry wird stattdessen von dem Cruciatus Fluch getroffen und Snape befielt den anderen Todessern Harry nicht zu töten, da dies der Dunkle Lord selbst erledigen möchte, und zu fliehen, was sie schlussendlich auch befolgen. Als Harry versucht, mit Flüchen aus dem Buch des Prinzen Snape zu attackieren, wird Snape wütend und verbietet ihm, seine eigenen Zauber gegen ihn einzusetzten. Von da an ist klar, dass Snape selbst der Halbblut Prinz ist. Harry will, dass Snape ihn tötet und nennt ihn einen „Feigling“, was diesen zur Weißglut bringt. Er versucht, einen Fluch auf Harry zu hetzen, doch Seidenschnabel kommt ihm zu Hilfe. Es gelingt Snape zu entkommen.

Hagrids Hütte brennt lichterloh, doch Harry gelingt es, mit Hilfe des Aguamenti Zaubers das Feuer zu löschen. Hagrid und Harry gehen gemeinsam zu Dumbledores leblosen Körper. Harry hebt das Amulett, das aus Dumbledores Tasche gefallen ist, auf und sieht eine Nachricht von einem gewissen R.A.B., die besagt, dass das wahre Horkrux gestohlen und ausgetauscht worden ist. Dumbledore ist also umsonst gestorben.

Ginny bringt Harry in den Krankenflügel, wo bereits unter anderem Bill Weasley und Neville versorgt werden. Ron, Hermine, Luna, Tonks und Lupin sind ebenfalls dort versammelt. Bill wurde von dem Werwolf Greyback gebissen, jedoch war dieser zur Zeit des Bisses noch nicht vollständig verwandelt, was Bill zu einem besonderen Fall macht. Mr. und Mrs. Weasley und Fleur kommen in ebenfalls in den Krankeflügel und Mrs. Weasley äußert die Vermutung, Fleur würde nun nicht mehr mit Bill zusammen sein wollen, da dieser durch die Attacke sein gutes Aussehen verloren habe. Fleur ist von Mrs. Weasleys Anschuldigung zutiefst beleidigt. Die beiden schließen jedoch Frieden, als Mrs. Weasley einsieht, dass Fleur Bill wirklich liebt und sein Zustand sie nicht abschreckt.

Daraufhin erklärt Tonks völlig unerwartet, dass auch sie kein Problem damit habe. Es wird klar, dass sie in Lupin verliebt ist, der jedoch versucht, sich gegen ihre Liebe zu wehren, da er der Meinung ist, er sei zu gefährlich und alt für sie. Währenddessen stimmt draußen Fawkes sein Trauerlied an.

Nachdem sie den Krankenflügel verlassen haben, begleitet Harry McGonagall, die nun das Amt des Schulleiters übernommen hat, in ihr Büro. Dort findet ein Gespräch mit den jeweiligen Hauslehrern statt, worin auch von einer Schließung Hogwarts die Rede ist. Harry erhält die Erlaubnis, das Büro zu verlassen, bevor der Zaubereiminister eintrifft.

Alle Unterrichtsstunden werden abgesagt und die Endprüfungen verschoben. Viele Eltern wollen ihre Kinder nach Hause holen. Hermine sucht in der Bibliothek nach Hinweisen bezüglich R.A.B. und erzählt Harry, dass Eileen Prince in Wirklichkeit Snapes Mutter war. Ron, Hermine und Ginny erzählen Harry, dass Snape Flitwick als Ablenkung angriff, um zum Astronomieturm zu gelangen. Sie hätten kurz darauf in den Kampf eingegriffen und mit Hilfe der DA Münzen Luna und Neville gerufen. Sie geben zu, dass sämtliche DA Mitglieder von dem Felix Felicis Trank getrunken haben, was vermutlich der einzige Grund ist, warum sie alle noch am Leben sind.

Dann findet die Beerdigung statt und schön langsam begreifen alle, dass Dumbledore nun wirklich tot ist. Harry trifft eine schwerwiegende Entscheidung: Er wird nicht nach Hogwarts zurückkehren, sondern die restlichen Horkruxe suchen und Voldemort endgültig zerstören. Er beendet seine Beziehung mit Ginny und weigert sich, das Maskottchen des Zaubereiministeriums zu spielen. Er informiert Ron und Hermine, dass er dies allein machen muss, doch sie stehen als echte Freunde weiter an seiner Seite und lassen das nicht zu.